В структуру АО "АТЦ Росатома" входят следующие филиалы:

Головная организация, г. Санкт-Петербург, Северо-Западный регион

Центр аварийно-спасательных подводно-технических работ «ЭПРОН»,
п. Селятино, Московская область

Глазовский филиал, г. Глазов, Удмуртская республика

Нововоронежский филиал, г. Нововоронеж, Воронежская область

Северский филиал, г. Северск, Томская область

Мурманский филиал, г. Мурманск, Мурманская область

Дальневосточный филиал, г. Владивосток, Приморский край